Tutorial Aplikasi Gabedit pada Linux

Gabedit adalah antarmuka pengguna grafis untuk paket kimia komputasi seperti Gamess-AS, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess dan Q-Chem. Hal ini dapat menampilkan berbagai hasil perhitungan termasuk dukungan untuk sebagian besar format file utama molekul. The “Molekul Builder” canggih memungkinkan untuk cepat sketsa dalam molekul dan memeriksa mereka di 3D. Grafik dapat diekspor ke berbagai format, termasuk animasi. Fitur-fitur utama Gabedit dapat Membuat file input untuk GAMESS (AS), GAUSSIAN, Molcas, MOLPRO, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess dan Q-Chem. Gabedit grafis dapat menampilkan berbagai Gamess-AS, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess, Q-Chem, (sebagian) ErgoSCF dan (sebagian) ADF hasil perhitungan, termasuk yang berikut Molecular orbital. Permukaan dari kerapatan elektron, potensial elektrostatik, NMR kepadatan perisai, dan properti lainnya. Permukaan dapat ditampilkan dalam mode jala padat, tembus dan kawat. mereka dapat colorcoded oleh properti terpisah. Kontur (colorcoded), Pesawat colorcoded, Dipole. XYZ sumbu dan sumbu utama molekul. Animasi dari mode normal sesuai dengan frekuensi getaran. Animasi rotasi geometri, permukaan, kontur, pesawat colorcoded, xyz dan sumbu utama molekul. Animasi kontur, Animasi pesawat colorcoded. Gabedit dapat menampilkan spektrum UV-Vis, IR dan Raman dihitung. Gabedit dapat menghasilkan file Povray untuk geometri (termasuk ikatan hidrogen), permukaan (termasuk permukaan colorcoded), kontur, pesawat colorcoded. Gabedit dapat menyimpan gambar di BMP, JPEG, PNG, PPM dan format PS. Gabedit otomatis dapat menghasilkan serangkaian gambar untuk animasi (getaran, konvergensi geometri, rotasi, kontur, pesawat colorcoded). Simulated Annealing dengan Dinamika Molekuler diimplementasikan dalam Gabedit (menggunakan Amber 99 parameter molekul mekanik). Screenshot :

Read More

Tutorial Aplikasi Gnome Crystal pada Linux

Cara Menggunakan Aplikasi Gnome Crystal Apa itu Gnome Crystal? Aplikasi Gnome Crystal adalah aplikasi membuat sturktur atom dengan 3D. Inilah tampilan awal Gnome

Pertama-tama klik Crystall lalu pilih Bonds and Lines, di situ ada beberapa pilihan antara lain Cell edges radius, Diagonals radius dan Medians radius semuanya dalam bentuk pm

Cell edges radius = jika kita centang dan mengetik angka, maka akan di hasilkan kerangka 3D Diagonals radius = jika kita mencentang juga dan mengetik angka, maka akan dihasilkan kerangka dalam bersilang. Medians radius = jika kita mencentang dan mengetik angka, maka akan dihasilkan kerangka lurus dalam. Perhatikan gambar berikut.

Langkahnya, klik Cell edges radius dan ketik angka 7 lanjut…..ke gambar ke-2

kalau gambar di atas, pilih dan klik Cell edges radius dan ketik angka 4 the last….gambar ke-3

kalau yang ini pilih dan klik Cell edges radius dan ketik angka 1 Diagonals radius klik dan pilih angka 1 Medians radius klik dan pilih angka 1 juga. Terima kasih dan selamat mencoba.

Read More

Tutorial Aplikasi Avogadro pada Linux

TUTORIAL MENGGUNAKAN APLIKASI AVOGADRO DALAM PEMBELAJARAN KIMIA BERBASIS ICT

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

• Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
• Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
• Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
• Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
• Embedded interpreter Python.
• Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
• Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
• Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
• Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
• Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
• Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )

Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan aplikasi avogadro.

Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.

Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti Background tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih warnayang Anda kehendaki

Hasilnya :

Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti di bawah ini.

Langkah selanjutnya adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan tentukan molekul apa akan Anda gambar. Semisal saya inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw Settings, saya memilih atom pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar molekul pada lembar kerja.

Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik Start.

Hasilnya adalah:

Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools settings. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom,. Caranya hanya check pada label yang ada di Display types

Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”

Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:

Read More

Tutorial Aplikasi Kalzium pada Linux

Apa itu kalzium??? Mungkin yang terlintas di pikiran kalian kalzium adalah unsur dalam sistem periodik unsur yang biasa disimbolkan dengan lambang Ca bukan??? Kalau benar begitu, anda salah :D
Kalzium adalah nama sebuah software (open source software - OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi standalone ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodik.
Nah pada kesempatan ini saya akan memberikan sedikit informasi tentang apa sih kalzium itu dan apa sih gunanya??? Sebelum itu, cara mendapatkan aplikasi ini sangat mudah, seperti yang sudah saya tulisakan tentang ”Cara mengintall aplikasi kimia pada linux”. Tentunya temen-temen sudah baca kan caranya???

Oke langsung saja...
Setelah diinstall, saat temen-temen buka aplikasi kalzium, kalian akan mendapatkan tampilan seperti di bawah ini.

Pada pojok kiri atas terdapat menu untuk merubah bentuk SPU, kita bisa merubahnya sesuai dengan keinginan kita, bentuk SPU pendek, panjang atau yang lain. Tampilan yang saya sajikan diatas adalah jenis SPU pendek.
Untuk bentuk SPU yang lain bisa dilihat pada gambar berikut ini :

• Bentuk SPU panjang

•  Bentuk SPU klasik

• Transition Elements

•  DZ Periodic Table

Lalu apabila kita meng-klik salah satu unsur, maka aplikasi ini akan memberikan informasi kepada kita tentang unsur tersebut. Misal kita meng-klik unsur Li, maka akan muncul informasi mengenai unsur tersebut (misal titik leleh, titik didih, afinitas elektron, dll) seperti yang terdapat pada tampilan berikut :

 

 

Software ini sangat cocok untuk materi yang tersebut di atas, karena bisa menampilkan sifat fisis dan sifat kimia dari berbagai macam unsur.

Read More

Aplikasi Hidrolisis Dalam Kehidupan

 Aplikasi Konsep hidrolisis dalam kehidupan misalnya adalah: 

1.      Pelarutan sabun
Garam natrium stearat, C₁₇H₃₅COONa (sabun cuci) akan mengalami hidrolisis jika dilarutkan dalam air , menghasilkan asam stearat dan basanya NaOH.


Reaksi: C₁₇H₃₅COONa + H₂O  à C₁₇H₃₅COOH + NaOH

Oleh karena itu, jika garam tersebut digunakan untuk mencuci, airnya harus bersih dan tidak mengandung garamCa²⁺ atau Mg²⁺ . Garam Ca²⁺ dan Mg²⁺ banyak terdapat dalam air sadah. Jika air yang digunakan mengandung garam garam Ca ²⁺,

 2(C₁₇H₃₅COOH) + Ca²⁺ à (C₁₇H₃₅COO)₂  + H⁺

Sehingga buih yang dihasilkan sangat sedikit. Akibatnya, cucian tidak bersih karena fungsi buih untuk memperluas permukaan kotoran agar mudah larut dalam air.

2.      Penjernihan air
Penjernihan air minum oleh PAM berdasarkan prinsip hidrolisis, yaitu menggunakan senyawa aluminium fosfat yang mengalami hidrolisis total.
Contoh proses hidrolisis dalam industri :
a. Lemak
Lemak + basa   menjadi     sabun + gliserol
Lemak  +  asam  menjadi   asam lemak + gliserol
Lemak + air    menjadi     asam lemak + gliserol
Contoh :

b. Karbohidrat
Termasuk gula, selulosa, tepung (polisakarida), tongkol jagung, sekam padi, dan lain-lain yang mengandung pentosan pada proses hidrolisis menjadi furfural. Juga sebagai bahan baku pembuatan HEXAMETILDIAMIN untuk bahan NYLON.
Contoh :

Hidrolisis tepung menjadi sirup dan dextrose, hasil produksinya tergantung dari :
-kadar pati
-asam
-suhu
- waktu

Read More

KONSEP HIDROLISIS GARAM

Pencampuran larutan asam dengan larutan basa akan menghasilkan garam dan air. Namun demikian, garam dapat bersifat asam, basa maupun netral. Sifat garam bergantung pada jenis komponen asam dan basanya. Garam dapat terbentuk dari asam kuat dengan basa kuat, asam lemah dengan basa kuat, asam kuat dengan basa lemah, atau asam lemah dengan basa lemah. Jadi, sifat asam basa suatu garam dapat ditentukan dari kekuatan asam dan basa penyusunnya. Sifat keasaman atau kebasaan garam ini disebabkan oleh sebagian garam yang larut bereaksi dengan air. Proses larutnya sebagian garam bereaksi dengan air ini disebut hidrolisis (hidro yang berarti air dan lisis yang berarti peruraian).

1. Garam dari Asam Kuat dengan Basa Kuat

Asam kuat dan basa kuat bereaksi membentuk garam dan air. Kation dan anion garam berasal dari elektrolit kuat yang tidak terhidrolisis, sehingga larutan ini bersifat netral, pH larutan ini sama dengan 7.

Contoh:

Larutan KCl berasal dari basa kuat KOH terionisasi sempurna membentuk kation dan anionnya. KOH terionisasi menjadi H ⁺ dan Cl ^- . Masing-masing ion tidak bereaksi dengan air, reaksinya dapat ditulis sebagai berikut.

KCl _(aq) → K ⁺ _(aq) + Cl ^- _(aq)

K ⁺ _(aq) + H ₂ O _(l) →

Cl ^- _(aq) + H ₂ O _(l) →

2. Garam dari Asam Kuat dengan Basa Lemah

Garam yang terbentuk dari asam kuat dengan basa lemah mengalami hidrolisis sebagian (parsial) dalam air. Garam ini mengandung kation asam yang mengalami hidrolisis. Larutan garam ini bersifat asam, pH <7.

Contoh:

Amonium klorida (NH ₄ Cl) merupakan garam yang terbentuk dari asam kuat, HCl dalam basa lemah NH ₃ . HCl akan terionisasi sempurna menjadi H ⁺ dan Cl ^- sedangkan NH ₃ dalam larutannya akan terionisasi sebagian membentuk NH ₄ ⁺ dan OH ^- . Anion Cl ^- berasal dari asam kuat tidak dapat terhidrolisis, sedangkan kation NH ₄ ⁺ berasal dari basa lemah dapat terhidrolisis.

NH ₄ Cl _(aq) → NH ₄ ⁺ _(aq) + Cl ^- _(aq)

Cl ^- _(aq) + H ₂ O _(l) →

NH ₄ ⁺ _(aq) + H ₂ O _(l) → NH _{3 (aq)} + H ₃ O ⁺ _(aq)

Reaksi hidrolisis dari amonium (NH ₄ ⁺ ) merupakan reaksi kesetimbangan. Reaksi ini menghasilkan ion oksonium (H ₃ O ⁺ ) yang bersifat asam (pH<7). Secara umum reaksi ditulis:

BH ⁺ + H ₂ O → B + H ₃ O ⁺

3. Garam dari Asam Lemah dengan Basa Kuat

Garam yang terbentuk dari asam lemah dengan basa kuat mengalami hidrolisis parsial dalam air. Garam ini mengandung anion basa yang mengalami hidrolisis. Larutan garam ini bersifat basa (pH > 7).

Contoh:

Natrium asetat (CH ₃ COONa) terbentuk dari asam lemah CH ₃ COOH dan basa kuat NaOH. CH ₃ COOH akan terionisasi sebagian membentuk CH ₃ COO ^- dan Na ⁺ . Anion CH ₃ COO ^- berasal dari asam lemah yang dapat terhidrolisis, sedangkan kation Na ⁺ berasal dari basa kuat yang tidak dapat terhidrolisis.

CH ₃ COONa _(aq) → CH ₃ COO ^- _(aq) + Na ⁺ _(aq)

Na ⁺ _(aq) + H ₂ O _(l) →

CH ₃ COO ^- _(aq) + H ₂ O _(l) → CH ₃ COOH _(aq) + OH ^- _(aq)

Reaksi hidrolisis asetat (CH ₃ COO ^‑ ) merupakan reaksi kesetimbangannya. Reaksi ini menghasilkan ion OH ^‑ yang bersifat basa (pH > 7). Secara umum reaksinya ditulis:

A ^- + H ₂ O → HA + OH ^-

4. Garam dari Asam Lemah dengan Basa Lemah

Asam lemah dengan basa lemah dapat membentuk garam yang terhidrolisis total (sempurna) dalam air. Baik kation maupun anion dapat terhidrolisis dalam air. Larutan garam ini dapat bersifat asam, basa, maupun netral. Hal ini bergantung dari perbandingan kekuatan kation terhadap anion dalam reaksi dengan air.

Contoh:

Suatu asam lemah HCN dicampur dengan basa lemah, NH ₃ akan terbentuk garam NH ₄ CN. HCN terionisasi sebagian dalam air membentuk H ⁺ dan CN ^- sedangkan NH ₃ dalam air terionisasi sebagian membentuk NH4+ dan OH-. Anion basa CN ^- dan kation asam NH ₄ ⁺ dapat terhidrolisis di dalam air.

NH ₄ CN _(aq) → NH ₄ ⁺ _(aq) + CN ^- _(aq)

NH ₄ ⁺ _(aq) + H ₂ O → NH _3(aq) + H ₃ O _(aq) ⁺

CN ^- _(aq) + H ₂ O _(e) → HCN _(aq) + OH ^- _(aq)

Sifat larutan bergantung pada kekuatan relatif asam dan basa penyusunnya (Ka dan Kb)

- Jika Ka < Kb (asam lebih lemah dari pada basa) maka anion akan terhidrolisis lebih banyak dan larutan bersifat basa.

- jika Ka > Kb (asam lebih kuat dari pada basa) maka kation akan terhidrolisis lebih banyak dalam larutan bersifat asam.

- Jika Ka = Kb (asam sama lemahnya dengan basa) maka larutan bersifat netral.

Read More

Soal-Soal Latihan Hidrolisis

Soal Hidrolisis Garam

A. Berilah tanda silang (X) pada huruf A, B, C, D, atau E di depan jawaban yang tepat!

1. Sebanyak 2,64 gram kristal (NH4)2SO4 dilarutkan dalam air, sehingga volumenya menjadi 1 liter. (ArN = 14 dan S = 32), maka besarnya pH larutan adalah ….(Kb = 10–5)
A. 5,5 + log 2
B. 5 – log 2
C. 5,5 – log 2
D. 8,5 + log 2
E. 9 + log 2

2. Harga pH campuran dari 50 mL larutan NH3 0,2 M dan 50 mL larutan HCl 0,2 M adalah ….(Kb = 10–5)
A. 4
B. 5
C. 6
D. 9
E. 10

3. Besarnya pH larutan dari 100 mL CH3COOK 0,4 M (Ka = 10–5) adalah ….
A. 5 – log 2
B. 5
C. 9
D. 9 + log 2
E. 10 + log 2

4. Sebanyak 100 mL larutan NH4OH 0,2 M dicampur dengan 100 mL larutan HCl 0,2 M (Kb = 10–5). MakapH campuran adalah ….
A. 5
B. 6
C. 7
D. 8
E. 9

5. 50 mL larutan NH4OH 0,1 M (Kb =10–5) direaksikan dengan 50 mL larutan HCl 0,1 M, maka pH campuran sekarang adalah ….
A. 5
B. 5 – log 7
C. 6 – log 7
D. 9 + log 7
E. 9

6. Larutan NH4Cl 0,1 M mempunyai pH = …. (Kb = 10–5)
A. 5
B. 7
C. 8
D. 9
E. 10

7. Larutan zat berikut yang dalam air mempunyai pH paling kecil adalah ….
A. CH3COONa
B. (NH4)2SO
C. KCN
D. NaCl
E. CH3COONH4

8. Dalam larutan natrium asetat 0,1 molL–1 mengalami hidrolisis sebagai berikut.
CH3COO– + H2O ⇆ CH3COOH + OH–
Jika Ka = 10–9, maka pH larutan tersebut adalah ….
A. 3
B. 5
C. 7
D. 9
E. 11

9. Garam berikut yang mengalami hidrolisis sebagian adalah ….
A. natrium klorida
B. kalium nitrat
C. amonium asetat
D. kalium sulfat
E. kalium sulfida

10. Garam berikut yang mengalami hidrolisis sempurna adalah ….
A. (NH4)2S
B. NaCl
C. K2CO3
D. Al2(SO4)3
E. CH3COONa

11. Garam berikut yang jika dilarutkan dalam air akan mempunyai pH lebih besar daripada tujuh adalah ….
A. Na2SO4
B. KCN
C. NH4Cl
D. KNO3
E. NH4NO3

12. Indikator fenolftalein (pp) akan berubah warnanya dari tak berwarna menjadi merah dalam larutan ….
A. K2CO3
B. H2SO4
C. NH4Cl
D. CH3COOH
E. NaNO3

13. Barium asetat, Ba(CH3COO)2 seberat 2,55 gram dilarutkan dalam air sampai volumenya menjadi 500 cm3. Bila Ka = 10–5; Ar Ba = 137; C = 12; dan O = 16, maka pH larutan adalah ….
A. 5
B. 5,5 – log 2
C. 8 + log 2
D. 8,5 + log 2
E. 9 + log 2

14. Bila Ka CH3COOH = 1 x 10–5, maka pH larutan Ba(CH3COO)2 0,1 M adalah ….
A. 1
B. 5 – log 1,4
C. 9
D. 9 – log 1,4
E. 9 + log 1,4

15. Sebanyak 10 mL larutan NH3 0,4 M dicampur dengan 100 mL larutan H2SO4 0,2 M (Kb = 2 x 10–5), maka pH larutan adalah ….
A. 5
B. 5 – log 2
C. 7
D. 9 + log 2
E. 8 + log 2

16. Garam berikut yang mengalami hidrolisis parsial adalah ….
A. K2SO4
B. (NH4)2SO4
C. NaCl
D. (NH4)2S
E. Al2S3

17. Garam berikut yang tidak mengalami hidrolisis adalah ….
A. CH3COONa
B. NH4Cl
C. Na2SO4
D. CH3COONH4
E. Na2CO3

18. Larutan garam berikut yang dalam air memiliki pH lebih kecil dari 7 adalah ….
A. natrium klorida
B. amonium klorida
C. kalium asetat
D. natrium sulfat
E. aluminium sulfida

19. Campuran berikut yang mengalami hidrolisis parsial dan bersifat asam adalah ….
A. 50 mL NaOH 0,2 M + 50 mL HCl 0,2 M
B. 100 mL CH3COOH 0,2 M + 50 mL KOH 0,2 M
C. 50 mL NH3 0,2 M + 100 mL HCl 0,1 M
D. 100 mL NH4OH 0,2 M + 100 mL H2SO4 0,2 M
E. 50 mL KOH 0,2 M + 50 mL HCN 0,2 M

20. Bila Ka = 10–5, maka besarnya pH larutan Ca(CH3COO)2 0,2 M adalah ….
A. 5
B. 5 – log 2
C. 8 + log 2
D. 9
E. 9 + log 2

Read More